Δωρητής υπήρξε ο Παπάφης για τα Σχολεία της Θεσσαλονίκης. Στις αρχές Ιουλίου του 1876 η Εφορεία των Σχολείων παρακάλεσε τον Παπάφη να συμβάλει στη λειτουργία των Σχολείων της γενέτειράς του. Η ανταπόκρισή του υπήρξε θετική και άμεση. Απέστειλε δια των αντιπροσώπων του στο Λονδίνο αδελφών Βάριγκερ & Σία 50 λίρες Αγγλίας.
Για την δωρεά τον είχε ευχαριστήσει o τότε Θεσσαλονίκης και μετέπειτα Πατριάρχης Κων/πόλεως Ιωακείμ ο Γ' με την ιδιότητα του ως εκπροσώπου της Ορθοδόξου Ελληνικής Κοινότητας και ως προέδρου της Εφορείας των Σχολείων. Ο Μητροπολίτης από την πράξη του επί δεκαετίες ξενιτεμένου Παπάφη διαπίστωνε ότι:
"ότι το αίσθημα της φιλοπατρίας, το αίσθημα της φιλομουσίας, το αίσθημα προς την αμώμητον των πατέρων θρησκείαν, ζέον διατελεί εν τη πατριωτική "του Παπάφη "καρδία''
Τον επόμενο χρόνο έστειλε νέα δωρεά πενήντα λιρών Αγγλίας και λίγους μήνες αργότερα επανήλθε με μια δωρεά εκατό λιρών Αγγλίας. Ο διάδοχος του Ιωακείμ στη Μητρόπολη Θεσ/νίκης Καλλίνικος ακολουθώντας τα βήματα του προκατόχου προσπάθησε να διατηρήσει την επαφή με τον Ι.Ν.Παπάφη.
Οι επιστολές αυτές προλείαναν το έδαφος, για να εκδηλωθεί η αγάπη του Ι.Ν. Παπάφη προς τη Θεσσαλονίκη. Από τον Ιούνιο του 1879, και ενώ ήδη είχε συντάξει την πρώτη του διαθήκη, άρχισε να ζητά με επανειλημμένες επιστολές πληροφορίες για τα ΄΄ευεργετικά καταστήματα" της Θεσσαλονίκης. Επειδή όμως επιθυμούσε να παραμείνει άγνωστος, έπαιρνε τις πληροφορίες μέσω των τραπεζιτών του στο Παρίσι Χότινγκερ & Σία.
Οι Έφοροι δια μέσου των ιδίων τραπεζιτών είχαν ευχαριστήσει για την πρόθεση "αγνώστου" δωρητού να προσφέρει κάποια χρεόγραφα δημοσίου γαλλικού χρέους. Σύντομα ειδοποιήθηκαν ότι η δωρεά πραγματοποιήθηκε. Το ύψος της ήταν εκατό χιλιάδες φράγκα σε χρεόγραφα του γαλλικού δημοσίου. Το ετήσιο εισόδημα ήταν τρεις χιλιάδες φράγκα από 50% για τα Σχολεία και το Νοσοκομείο. Τότε προσπάθησαν μάθουν το δωρητή. Μάταια όμως. Αγνοώντας λοιπόν το όνομα απηύθυναν και πάλι δια των Χότινγκερ ευχαριστήρια επιστολή.
"Προς Τον ανώνυμον ευεργέτην των εκπαιδευτικών και φιλανθρωπικών καταστημάτων της Ελληνικής Κοινότητος Θεσσαλονίκης, .. ".
Ανωνύμως επίσης απέστειλε 15.000 χρυσά γαλλικά φράγκα προς το Ορφανοτροφείο Ελένης Tζάνη στον Πειραιά. Με τον ίδιο αθόρυβο τρόπο και ανωνύμως δια των αντιπροσώπων του στο Λονδίνο δώρισε στο Ορφανοτροφείο Χατζηκώνστα χίλιες λίρες Αγγλίας. Ο ανώνυμος δωρητής αποκαλύφθηκε μετά το θάνατό του, όταν δημοσιεύθηκαν οι διαθήκες. Όταν ο Ιωακείμ ο Γ' ίδρυσε στη νήσο Πρώτη Γηροκομείο ΄΄υπέρ των γεγηρακότων και απομάχων κληρικών" του Πατριαρχείου, θυμήθηκε τον Παπάφη, γνώριμό του από την αλληλογραφία που είχε μαζί του ως Θεσσαλονίκης και του ζήτησε οικονομική βοήθεια. Ο Παπάφης ανταποκρίθηκε αμέσως στο αίτημα του Πατριάρχου και απέστειλε 1.000 φράγκα.
Για τις διοικητικές της ανάγκες κληροδότησε στην Ελληνική Ορθόδοξη Εκκλησία Μελίτης 25 χρυσές λίρες, στη Βιβλιοθήκη Μελίτης τη σαρανταπεντάτομη εγκυκλοπαίδειά του, στο χρηματιστήριο Μελίτης το αγγλικό λεξικό Johnson και το λεξικό του εμπορίου Maιlloch με την εντολή να είναι σε κοινή χρήση. Άφηνε και 10.000 λίρες στερλίνες στο Ορφανοτροφείο που είχαν ιδρύσει στην Αθήνα ο Γεώργιος και Αικατερίνη Χατζηκώστα.
Στη δεύτερη διαθήκη του μνημονεύει τις 1.000 λίρες στερλίνες, τις οποίες είχε στείλει ανωνύμως δια των χρηματιστών του στο Λονδίνο. Μας δίνει την πληροφορία ότι αυτό που ανέθετε στους εκτελεστές της διαθήκης του το είχε πραγματοποιήσει ο ίδιος, δηλαδή να εγγράψει υπέρ του Ορφανοτροφείου Χατζηκώνστα δημόσιο χρέος της Γαλλίας με ετήσιο εισόδημα 7.900 φράγκων.
